Después de una actualización fallida desde SQL Server 2005 a SQL Server 2008 R2 SP1, decidí usar la opción de Repair del instalador de SQL Server, el recurso SQL Server se reparó correctamente, pero el de SQL Server Agent no conseguia iniciarlo.
 
 
 El servicio del Agente no aparecia en SQL Server Configuration Manager, y revisando el Log del Agente no encontré nada, por lo que me decidí a mirar el servicio Windows del SQL Server Agent, al tratar de iniciarlo me mostraba el error “Error 2: The system cannot find the file specified“, mirando en sus propiedades me encontré que la ruta a la que estaba apuntando era incorrecta, ya que apuntaba al SQLAGENT.EXE de SQL Server 2005, y la instancia ya estaba migrada a 2008R2.
 



 
Para solucionarlo, hice una búsqueda en el Editor de Registro y encontré el dato incorrecto dentro de HKLM/SYSTEM/ControlSet001/services/SQLAgent$INSTANCE en el registro ImagePath, únicamente tuve que editarlo y poner la ruta correcta.
 





 
Una vez hecho esto me fui al Failover Cluster Manager e inicié el recurso del Agente sin problema.
 
 
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